株式会社メタジェン

市場課題｜腸内環境の個人差に合わせにくい

腸内環境は個人で異なる

ヒトの腸内には、1人あたり数百から1,000種類以上、約40兆個の腸内細菌がすむと見積もられています。その組成は長期的な食習慣や生活習慣の影響を受けるため、個人ごとに大きく異なる状態です。このため、腸内環境のタイプによって、製品の発揮する効果が異なることが明らかになってきています。

研究に踏み出しにくい

腸内環境の研究は、専門的な知見や技術が必要で、踏み出すハードルが依然として高い分野です。得られたデータから研究成果の価値を十分に引き出せないという課題もあります。このため、腸内環境に関心を持つ企業でも、研究を始めにくい状態です。

他にも、新しい知見を追い続けにくいこと、研究の現在地を読み解きにくいこと、研究者や事業者と生活者の間に認知格差があること、といった課題があるといわれています。

FrontJournalの解説

• 腸内細菌叢（腸内フローラ）ヒトの腸内にすむ腸内細菌の群集である。食べ物の残りかすをエサにして、短鎖脂肪酸をはじめとする代謝物質をつくり出す。

メタジェンの強み｜「腸内デザイン」を研究

腸内環境を数値で評価

腸内環境を適切に評価するには、どのような細菌がどのくらいいるかと、どのような代謝物質がどのくらいあるかの両方を調べる必要があります。

同社は、細菌を調べる遺伝子解析（メタゲノミクス）と、代謝物質を調べる代謝物質解析（メタボロミクス）を統合し、膨大な情報をバイオインフォマティクス（生命情報科学）で解析する評価手法「メタボロゲノミクス」を確立しました。腸内環境の状態を数値で表せるため、経口摂取したものが腸内環境へ与える影響を、個人ごとの違いを含めて定量的に確かめられます。食品などの効果を科学的根拠とともに示すことができるようになり、生活者は自分の腸内環境に合う商品を選びやすくなります。

研究から商品化まで伴走

腸内環境の研究は、専門的な知見と技術が必要で、糞便試料の扱いにもノウハウが要る分野です。

糞便試料の処理から分析までを、同社が一貫して請け負う体制です。納品は生データでの提供が基本で、希望に応じてデータ解析の支援も選べます。さらに、コンセプトやロジックの設計から商品設計、発売、発売後のアップデートまで、科学の面から事業者に伴走する仕組みです。これにより、腸内環境の研究に踏み出したばかりの企業でも、研究と商品開発を進めることができるようになり、根拠を持った商品を生活者へ届けやすくなります。

FrontJournalの解説

• バイオインフォマティクス（生命情報科学）生物が持つ遺伝子や代謝物質などの大量のデータを、コンピューターで解析して意味を読み取る、生物学と情報科学を組み合わせた学問分野である。

腸内デザインの未来｜企業の研究・商品開発への応用

研究と商品開発を支援

同社は、メタボロゲノミクスを用いた研究開発支援プラットフォームを構築し、企業の研究開発や商品開発を支援しています。プラットフォームには、「MGPack」「MGMouse」「MGScreening」「MGBioAnalysis」「MGDataAnalysis」といったツールが並びます。活用の場面は、素材や商品のエビデンス創出の支援などです。試験設計から結果の考察、論文化まで一連の研究を支援するため、企業は腸内環境を指標にした根拠を自社の素材や商品に添えられます。

企業連携で市場創出を目指す

腸内デザインの市場創出を目指す企業連携プロジェクト「腸内デザイン共創プロジェクト」も、同社が運営しています。参画企業向けには、鶴岡市でのオンサイト1回とオンライン1回の「腸内デザインサロン」、週1回のメールマガジン、リーダー層の交流会を計画しています。これらは、参画企業だけが参加できるクローズドの場です。研究開発・商品開発・啓発の取り組みを、企業の垣根を越えて進める仕組みです。

「病気ゼロ」を目指す

腸内環境に合ったヘルスケアを社会のあたりまえにすることを掲げ、グループで「病気ゼロ」の実現を目指す方針です。腸内環境に基づくヘルスケアを同社が、腸内細菌叢を活用した医療・創薬をメタジェンセラピューティクス社が担う体制です。腸内細菌叢の機能を包括的に理解することが、研究知見を社会に実装していくための鍵になると考えています。企業と連携した研究と商品開発を、今後も進める姿勢です。

会社概要｜メタジェンの事業内容・設立背景

2015年に設立

株式会社メタジェンは、2015年3月18日に設立された企業です。代表取締役社長CEOの福田真嗣氏は、2015年にビジネスプラン「便から生み出す健康社会」でバイオサイエンスグランプリの最優秀賞を受賞し、同社を設立しました。2019年からは慶應義塾大学先端生命科学研究所の特任教授を務めています。取締役副社長CTOの山田拓司氏は、2015年に就任し、2025年から東京科学大学の教授を務めています。「腸内デザイン」は、同社の登録商標です。

採択・連携

同社は、2019年6月に「J-Startup」に選定されました。2020年には、グループ会社のメタジェンセラピューティクス社とMetagen Singaporeを設立しています。2024年には、「AIによる素材が腸内環境に与える影響の評価システムの開発」がGo-Tech事業に採択されました。同社のツール「MGPack」は、神奈川県の「ME-BYO BRAND」に認定されています。

事業とグループ体制

同社の事業は、研究付加価値探索事業、商品開発支援事業、サイエンスPR事業です。研究付加価値探索事業では糞便試料の処理から分析までを、商品開発支援事業ではコンセプト設計から発売後のアップデートまでを、それぞれ支援します。資本金は、資本準備金を含めて5,480万円です。

編集後記｜FrontJournal編集部より

食品やサプリメントの効果に個人差があることは、多くの人が経験として知っています。メタジェンの取り組みは、その差を腸内環境という切り口で測り、商品づくりに活かそうとする試みといえます。腸内環境は目に見えないため、数値で示せる意味は小さくありません。

とくに注目したのは、研究から商品開発、情報発信まで企業に伴走する体制です。腸内環境の研究に踏み出しにくい企業でも根拠を持って商品を設計できれば、一人ひとりに合った選択肢が増えていく可能性があります。

FrontJournal編集部

出典：経済産業省 大学発ベンチャーデータベース2026

出典：「Gビズインフォ」（経済産業省）（2026年9月28日に利用）を加工して作成

本記事は、FrontJournalが公開情報をもとに独自に分析した第三者コンテンツであり、対象企業・研究機関の公式見解ではありません。